Обласний музей - ровесник нашої області. 7 серпня 1946, наказом Обласного управління у цивільних справах «Про організацію культурно-просвітніх установ області» був створений Обласний краєзнавчий музей. До квітня 1949 р музей не мав власного будинку і розміщувався тимчасово в невеликих приміщеннях. У 1949 р музей був переведений в будівлю на вулиці Б.Хмельницького, будинок 19/21, в якому перебував 22 роки. У музеї працювали 16 наукових співробітників. Вони комплектували фонди майбутнього музею і в день п'ятиріччя області була відкрита постійна експозиція музею, яка включала в себе розділи по природі і історії Калінінградській області.

За роки існування музею співробітниками був зібраний великий матеріал, особливо по темі Великої Вітчизняної війни, і в 1968 р було відкрито першу філію обласного музею - "Бліндаж", де 9 Апреля 1945 році було прийнято рішення про капітуляцію фашистської гарнізону фортеці Кенігсберг.
У 1969 році, прийняв перших відвідувачів ще один військово-історичний філія - ​​«Командний пункт 43 Армії» в селищі Холмогоровка Зеленоградського району. Будівля, на другому поверсі якого знаходиться експозиція, було використано в березні-квітні 1945 року для роботи командно-спостережного пункту 43 армії.
У вересні 1972 року музею було передано приміщення колишньої школи №7 по вул. Горького, 113, і у вересні 1973 року відкрилася нова експозиція на площі близько 800 кв. м., яка проіснувала 18 років. З переїздом в більш зручне приміщення почалося активне формування музейних колекцій, в тому числі художньої. Був створений художній відділ. Велася робота по створенню ще однієї філії - Музею Бурштину, який був відкритий 29 грудня 1979 року. Музей Бурштину є центром по поширенню знань про сонячному камені і декоративно-прикладному мистецтві. З 2004 року це - самостійний музей.
У вересні 1979 року відкрито ще один новий філіал - меморіальний музей Крістіонаса Донелайтіса в селищі Чисті Пруди Нестеровського району. У тому ж 1979 році був відкритий третій військово-історичний філія музею - меморіал «Форт №5». З 2001 року форт №5 - Калінінградський недержавний музей фортифікації та військової техніки. З 2010 року форт № 5 - окремо стоїть експозиція Калінінградського історико-художнього музею.
Зміна структури музею, початок будівництва нових філій, формування нових колекцій, в тому числі художніх, дозволило змінити профіль обласного музею. З 1977 р музей став історико-художнім. Ведеться робота зі створення нових філій. У 1984 р відкрито Парк скульптури. Він створений під відкритим небом на острові Кнайпхоф на площі в 12 га.
У 1988 році відкривається природничо-науковий філіал музею - Музей природи Курської коси. В даний час - структурний підрозділ Національного парку «Куршська коса».
У 1993 році був відкритий ще один філія - ​​музей історії міста Советск, що розповідає про його історію, культуру, сучасності. В даний час музей є муніципальним.
З 1990 р музей став об'єднанням «Калінінградський обласний історико-художній музей та його філії», в яке в даний час входять 3 філії (музеї «Форт №5» та «Бункер», меморіальний музей К. Донелайтіса) і головний музей на вул. Клінічної, 21, урочисте відкриття експозиції в якому відбулося в 1991 р Будівля головного музею - це колишній Концертний зал Штадтхалле, побудований в 1912 році за проектом берлінського архітектора Ріхарда Зеелов.